Permendagri No 79 Tahun 2018 menyatakan bahwa belanja BLUD terdiri dari belanja operasi dan belanja modal. Belanja operasi tersebut mencakup seluruh belanja BLUD untuk menjalankan tugas dan fungsi yang terdiri dari belanja pegawai, belanja barang dan jasa, belanja bunga dan belanja lain. Belanja modal mencakup seluruh belanja BLUD untuk perolehan aset tetap dan aset lainnya yang memberi manfaat lebih dari 12 (dua belas) bulan untuk digunakan dalam kegiatan BLUD. Belanja modal tersebut meliputi belanja tanah, belanja peralatan dan mesin, belanja gedung dan bangunan, belanja jalan, irigasi dan jaringan serta belanja aset tetap lainnya.
Pengelolaan belanja pada Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) diberikan fleksibilitas dengan mempertimbangkan volume kegiatan pelayanan masing-masing BLUD. Fleksibilitas tersebut merupakan belanja yang disesuaikan dengan perubahan pendapatan dalam ambang batas RBA dan DPA yang telah ditetapkan secara definitif. Fleksibilitas dapat dilaksanakan terhadap belanja BLUD yang bersumber dari pendapatan BLUD sebagaimana dimaksud dalam jasa layanan, hibah, hasil kerjasama dengan pihak lain, lain-lain pendapatan BLUD yang sah serta hibah tidak terikat. Belanja juga memiliki ambang batas yang merupakan besaran persentase realisasi belanja yang diperkenankan melampaui anggaran dalam RBA dan DPA. Apabila belanja BLUD melampaui ambang batas sebagaimana dimaksud di atas maka BLUD wajib terlebih dahulu mendapat persetujuan kepala daerah. Dalam hal terjadi kekurangan anggaran, BLUD dapat mengajukan usulan tambahan anggaran dari APBD kepada PPKD.
Besaran presentase ambang batas pada BLUD dihitung tanpa memperhitungkan saldo awal kas. Namun, memperhitungkan fluktuasi kegiatan operasional yang meliputi kecenderungan/tren selisih anggaran pendapatan BLUD selain APBD tahun berjalan dengan realisasi 2 tahun anggaran sebelumnya dan kecenderungan/tren selisih pendapatan BLUD selain APBD dengan prognosis tahun anggaran berjalan. Besaran presentase ambang batas dicantumkan dalam RBA dan DPA dimana pencantuman tersebut berupa catatan yang memberikan informasi besaran presentase ambang batas. Presentase ambang batas merupakan kebutuhan yang dapat diprediksi, dicapai, terukur, rasional dan dipertanggungjawabkan. Ambang batas ini digunakan aabila pendapatan BLUD yang diprediksi atau dianggarkan telah melebihi target pendapatan yang telah ditetapkan dalam RBA dan DPA tahun yang dianggarkan.