RSUD memiliki berbagai formulasi strategi yang kemudian diimplementasikan pada aktivitas atau kinerja RSUD. Setelah pengimplementasian dari strategi tersebut langkah penting yang harus dilakukan adalah evaluasi untuk mengukur dan menilai apakah kinerja organisasi telah sesuai dengan strategi yang telah diformulasikan sebelumnya dan melakukan pembenahan atas pencapaian kinerja yang belum maksimal guna mempertahankan kinerja agar tetap sejalan dengan tujuan yang hendak dicapai oleh organisasi tersebut.
Menurut penelitian secara umum, tidak ada perbedaan strategi antara sebelum dan sesudah BLUD yang berbeda adalah pada persentase target yang harus dicapai. Namun dalam mengimplementasikan strategi perusahaan guna mewujudkan tujuan yang telah ditetapkan, organisasi sering menghadapi hambatan atau bahkan kegagalan. Untuk mengatasi berbagai hambatan yang terjadi tersebut diperlukan alat komunikasi yang komprehensif dalam mewujudkan tujuan organisasi. Dengan demikian, evaluasi merupakan suatu tindakan yang penting dilakukan untuk mengetahui apakah kinerja organisasi telah sesuai dengan strategi yang telah ditetapkan sebelumnya dan menjaga agar kinerja tetap sesuai dengan tujuan yang ingin dicapai.
Pengukuran kinerja suatu organisasi seharusnya tidak hanya diukur berdasarkan aspek finansial tetapi juga aspek nonfinansial. Hasil penelitian menunjukkan bahwa  kinerja Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) sebelum dan setelah menjadi BLUD mengalami peningkatan, kinerja keuangan meningkat secara melampaui target dan kinerja non keuangan sebagian besar meningkat dan dapat mencapai target yang ditetapkan.
Rumah Sakit Umum Daerah masih mengalami kendala, kendala internal meliputi  keterbatasan  kuantitas  sumber  daya  manusia  dan  tenaga  medis, keterbatasan sarana dan prasarana serta infrastruktur,dan sistem pengendalian internal yang masih lemah. Kendala eksternal meliputi perbedaan pemahaman aturan pelaporan BLUD antara pemda dan permendagri dan masih mengalami alur  birokrasi  yang  rumit. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) selalu berupaya untuk semakin memperbaiki kinerja melalui berbagai program kerja untuk mengatasi kekurangannya dan turut memberikan rekomendasi strategi untuk meningkatkan kinerja dimasa mendatang. Dan dapat menjadi acuan untuk Rumah Sakit Daerah untuk memberikan pelayanan terbaik.