Berlatar belakang dari Peraturan Presiden Nomor 32 tahun 2014 yang mengatur pengelolaan dan pemanfaatan Dana Kapitasi Jaminan Kesehatan Nasional pada Fasilitas tingkat Pertama Milik Pemerintah Daerah. Dimana Peraturan Presiden tersebut dikeluarkan untuk mengisi kekosongan aturan terkait transfer dana Kapitasi BPJS langsung ke Puskesmas. Puskesmas sebagai Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) mengalami dilema karena tidak bisa menggunakan Dana Kapitasi secara langsung, melainkan harus mentransfer dana tersebut ke Kas Daerah dan mengajukan penggunaan dana tersebut sesuai mekanisme yang sama dengan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD)/ UPTD yang lain. PP No. 32 tahun 2014 menjadi solusi sementara untuk kedilemaan puskesmas sendiri, solusi permanen yang diberikan pemerintah adalah menjadikan puskesmas sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD).
Pada prosesnya seringkali muncul kekhawatiran pihak Puskesmas mengenai subsidi yang diberikan PEMDA, Pihak manajemen takut jika sudah menjadi BLUD nantinya subsidi-subsidi yang diberikan oelh PEMDA akan dicabut dan akan berimbas pada kualitas pelayanan untuk masyarakat. Hal ini tidak bisa dijadikan alasan karena tugas PEMDA Sendiri adalah memberikan jaminan pelayanan kesehatan untuk masyarakat. Perlu diketahui bahwa setiap tahunnya PEMDA mengalokasikan lebih dari 10% dana APBD untuk bidang kesehatan. Sudah bisa dipastikan Puskesmas akan tetap memperoleh subsidi dan dana dari APBD walaupun sudah menjadi BLUD karena sudah teranggarkan dalam APBD. Apabila PEMDA memutuskan mengurangi atau mencabut subsidi, yang sebenarnya masih kurang di PUSKESMAS, maka kuantitas dan kualitas pelayanan kesehatan dipastikan akan turun.
Pada 2019, pemerintah menargetkan seluruh puskesmas akan menjadi Badan Layanan Umum Daerah agar bisa membiayai operasionalnya sendiri dan menjalankan pola pengelolaan keuangan BLUD. Melalui konsep pola pengelolaan keuangan BLUD, Puskesmas diharapkan dapat meningkatkan profesionalisme, mendorong entrepreneurship, transparansi, dan akuntabilitas dalam rangka pelayanan publik, sesuai dengan tiga pilar yang diharapkan dari pelaksanaan Pola Pengelolaan Keuangan (PPK) BLUD ini, yaitu untuk mempromosikan peningkatan kinerja pelayanan publik, fleksibilitas pengelolaan keuangan dan tata kelola yang baik.