Pejabat Pengelola menurut Permendagri No. 79 tahun 2018 terdiri atas Pemimpin, Pejabat Keuangan, dan Pejabat Teknis. Akan tetapi Sebutan pemimpin, pejabat keuangan dan pejabat teknis sebagaimana dimaksud disesuaikan dengan nomenklatur yang  berlaku di BLUD. Jika dibandingkan dengan Permendagri No. 61 tahun 2007 tidak ada perubahan dalam susunannya. Pejabat Pengelola diangkat dan diberhentikan oleh kepala daerah/Bupati.
Dalam struktur organisasi Pemimpin BLUD akan bertanggungjawab kepada Kepala daerah lalu pejabat keuangan dan pejabat teknis akan bertanggungjawab kepada pemimpin BLUD.
Tugas Pemimpin BLUD dalam Permendagri No. 79 tahun 2018 adalah sebagai berikut :
- memimpin, mengarahkan, membina, mengawasi, mengendalikan, dan mengevaluasi penyelenggaraan kegiatan BLUD agar lebiii efrsien dan produktivitas;
- merumuskan penetapan kebijakan teknis BLUD serta kewajiban lainnya sesuai dengan kebijakan yang telah ditetapkan oleh kepala daerah;
- menyusun Renstra;
- menyiapkan RBA;
- mengusulkan calon pejabat keuangan dan pejabat teknis kepada kepala daerah sesuai dengan ketentuan;
- menetapkan pejabat lainnya sesuai dengan kebutrrhar; BLUD selain pejabat yang telah ditetapkan dengan peraturan perundangan-undangan;
- mengoordinasikan pelaksanaan kebijakan BLUD yang dilakukan oleh pejabat keuangan dan pejabat teknis, mengendalikan tugas pengawasan internal, serta menyampaikan dan mempertanggungiawabkan kinerja operasional serta keuangan BLUD kepada kepala daerah; dan
- tugas lainnya yang ditetapkan oleh kepala daerah sesuai dengan kewenangannya.
Pejabat Pengelola yang bertindak sebagai Pejabat keuangan mempunyai Tugas menurut Permendagri No. 79 tahun 2018 adalah sebagai berikut :
- merumuskan kebijakan terkait pengelolaan keuangan;
- mengoordinasikan penyusunan RBA;
- menyiapkan DPA;
- melakukan pengelolaan pendapatan dan belanja;
- menyelenggarakan pengelolaan kas;
- melakukan pengelolaan utang, piutang, dan investasi;
- menyusun kebijakan pengelolaan barang milik daerah yang berada dibawah penguasaannya;
- menyelenggarakan sistem informasi manajemen keuangan;
- menyelenggarakan akuntansi dan penyusunan laporan keuangan; dan
- tugas lainnya yang ditetapkan oleh kepala daerah dan/atau pemimpin sesuai dengan kewenangannya.
Pejabat keuangan dalam melaksanakan tugasnya mempunyai fungsi sebagai penanggungjawab keuangan dan dalam pelaksanaannya dibantu oleh bendahara penerimaan dan bendahara pengeluaran. Pejabat keuangan, bendahara penerimaan, dan bendahara pengeluaran harus dijabat oleh pegawai negeri sipil (PNS).
Pejabat Pengelola yang terakhir adalah Pejabat Teknis, Pejabat Teknis memiliki Tugas Sebagai berikut :
- menyusun perencanaan kegiatan teknis operasional dan pelayanan di bidangnya;
- melaksanakan kegiatan teknis operasional dan pelayanan sesuai dengan RBA;
- memimpin dan mengendalikan kegiatan teknis operasionai dan pelayanan dibidangnya; dan
- tugas lainnya yang ditetapkan oieh kepala daerah dan/atau pemimpin sesuai dengan kewenangannya.
Pejabat teknis dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud mempunyai fungsi sebagai penanggungjawab kegiatan teknis operasional dan pelayanan di bidangnya. Pelaksanaan tugas pejabat teknis berkaitan dengan mutu, standarisasi, administrasi, peningkatan kualitas sumber daya manusia, dan peningkatan sumber daya lainnya.
Â