Dalam penerapannya, BLUD memiliki keleluasan dalam rangka menerapkan praktek bisnis yang sehat. Praktek bisnis yang sehat merupakan penyelenggaran dari fungsi organisasi yang berdasarkan dengan kaidah-kaidah manajemen yang baik dalam rangka pemberian layanan yang bermutu, berkesinambungan dan berdaya saing. Keleluasaan ini bertujuan untuk meningkatkan layanan kepada masyarakat tanpa mencari keuntungan dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan masyarakat. Untuk itu perlu kita ketahui bersama apa saja sebetulnya fleksibilitas yang akan didapatkan oleh suatu badan yang ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) ini. Berdasarkan Permendagri Nomor 79 Tahun 2018, fleksibilitas yang didapatkan oleh BLUD diantaranya yaitu terkait pengelolaan pendapatan, pengelolaan belanja pengadaan barang dan jasa, pengelolaan utang dan piutang, tarif, pengelolaan sumber daya manusia, pengelolaan kerjasama, pengelolaan investasi, pengelolaan remunerasi serta pengelolaan SiLPA dan defisit.
Pada pengelolaan terkait pendapatan, BLUD dapat menggunakan seluruh pendapatan yang dimilikinya baik dari pendapatan jasa pelayanan, hibah, kerjasama, APBD dan lain-lain dengan masuk ke rekening kas BLUD dan dikelola serta dimanfaatkan sepenuhnya oleh BLUD. Dalam pengelolaan belanja, BLUD dapat melakukan belanja dengan menggunakan dana yang bersumber dari jasa layanan (non APBD) dan dapat melebihi pagu anggaran namun mempertimbangkan volume kegiatan pelayanan. Pada pengelolaan pengadaan barang dan/atau jasa, BLUD tidak mengacu pada perpres pengadaan barang/jasa pemerintah yaitu Perpres 16 Tahun 2018 tentang Pengadaan Barang dan Jasa Pemerintah. Pengadaan barang dan/atau jasa BLUD ini bertujuan untuk menjamin keterssediaan barang dan jasa yang lebih bermutu, lebih murah, lebih mudah dan cepat dalam proses pengadaannya dan mudah menyesuaikan dengan kebutuhan untuk mendukung kelancaran pelayanan. Dalam pengelolaan utang dan piutang, BLUD dapat melakukan utang seperti pinjaman jangka panjang sesuai dengan perundang-undangan, selain itu piutang yang ada juga dapat dihapus secara mutlak atau bersyarat.
Fleksibillitas BLUD juga terkait dengan pengelolaan tarif layanan dimana tarif ditetapkan dengan peraturan kepala daerah setempat. Tarif layanan ditetapkan sebagai imbalan atas penyediaan baranng dan/atau jasa layanan kepada masyarakat. Kemudian dalam pengelolaan sumber daya manusia, BLUD dapat melakukan rekrutmen terhadap tenaga professional lainnya meskipun berstatus non pegawai negeri sipil. Dalam hal pengelolaan kerjasama, BLUD dapat melakukan kerjasama dalam rangka peningkatan kualitas dan kuantitas pelayanan dengan berdasarkan pada prinsip efisiensi, efektivtas, ekonomis dan saling menguntungkan. Dalam hal investasi, BLUD dapat melakukan investasi jangka pendek sepanjang memberi manfaat bagi peningkatan pendapatan dan pelayanan masyarakat dan tidak menganggu likuiditas keuangan BLUD. Dalam hal remunerasi, BLUD dapat memberikan remunerasi sesai dengan tingkat tanggung jawan dan profesionalisme yang dimiliki baik dari pejabat pengelola maupun pegawainya. Dan yang terakhir, BLUD juga memiliki fleksibilitas dalam hal pengelolaan SiLPA dan defisit anggaran karena sisa kas yang dimiliki dapat digunakan dalam tahun anggaran berikutnya dan tidak ada setor ke kas daerah lagi.