Prinsip transparansi dalam pelaporan keuangan merupakan hal yang wajib dilakukan oleh semua entitas pelaporan keuangan. Termasuk salah satunya adalah BLUD. Dalam Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 Pasal 31 disebutkan bahwa salah satu prinsip tata kelola yang harus dianut BLUD adalah transparansi. Berikutnya pada Pasal 33 disebutkan bahwa transparansi yang dimaksud adalah asas keterbukaan yang dibangun atas dasar kebebasan arus informasi agar informasi secara langsung dapat diterima bagi yang membutuhkan.
BLUD dalam perannya sebagai salah satu unit pelayanan publik harus menerapkan prinsip transparansi yang baik dan benar. Hal ini dikarenakan tanggungjawab unit sektor publik tidak hanya kepada stakeholder saja, namun juga langsung kepada masyarakat. Transparansi yang dimiliki BLUD terbagi menjadi dua aspek. Yaitu transparansi keuangan dan transparansi non keuangan.
Transparansi keuangan yang dimaksud dalam BLUD adalah transparansi dalam hal keterbukaan atas arus informasi perincian biaya pelayanan. Segala biaya pelayanan dan rinciannya sebagai imbalan atas pemberian pelayanan harus ditetapkan oleh pejabat yang berwenang sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Biaya tersebut harus diinformasikan secara jelas kepada penerima pelayanan. Oleh karena itu BLUD perlu didukung dengan sistem pembiayaan yang memadai dan menunjang sistem penetapan tarif yang otonom sebagai sistem terpadu dalam pembiayaan BLUD.
Transparansi non keuangan yang dimaksud dalam BLUD adalah transparansi dalam prosedur pelayanan dan persyaratan teknis maupun adminiastratif pelayanan. Transparansi dalam prosedur pelayanan merupakan rangkaian proses atau tata kerja yang berkaitan satu sama lain, sehingga menunjukkan adanya tahapan secara jelas dan pasti serta cara-cara yang harus ditempuh dalam rangka penyelesaian suatu pelayanan. Prosedur pelayanan publik bagi BLUD harus sederhana, tidak berbelit-belit, mudah dipahami dan mudah dilaksanakan. Gambaran prosedur pelayanan BLUD bisa dijelaskan dalam began alir yang ditampilkan di ruang pelayanan sehingga penerima pelayanan mampu memahami alur pelayanan secara keseluruhan. Selain itu dalam internal BLUD juga harus dipastikan pembagian tugas, fungsi dan tanggungjawab untuk masing-masing bagian pelayanan. Hal ini dapat dituangkan dalan SOP BLUD. Sedangkan transparansi dalam persyaratan teknis dan administrative adalah transparansi dalam hal persyaratan yang harus dipenuhi masyarakat yang akan memperoleh pelayanan. Persyaratan tersebut harus diinformasikan secara jelas kepada penerima pelayanan BLUD.