Permendagri No. 79 tahun 2018 Pasal 99 ayat 3 ditegaskan bahwa Laporan Keuangan BLUD disusun berdasarkan Standar Akuntansi Pemerintahan. Menurut PP No.71 tahun 2010 Pasal 1 ayat 3 Standar Akuntansi Pemerintahan, yang selanjutnya disingkat SAP, adalah prinsip-prinsip akuntansi yang diterapkan dalam menyusun dan menyajikan laporan keuangan pemerintah. Dalam peraturan ini dijelaskan pula bahwa 2 basis SAP yakni SAP berbasis kas dan SAP berbasis kas menuju akrual.
SAP Berbasis Akrual adalah SAP yang mengakui pendapatan, beban, aset, utang, dan ekuitas dalam pelaporan finansial berbasis akrual, serta mengakui pendapatan, belanja, dan pembiayaan dalam pelaporan pelaksanaan anggaran berdasarkan basis yang ditetapkan dalam APBN/APBD. Sedangkan SAP Berbasis Kas Menuju Akrual adalah SAP yang mengakui pendapatan, belanja, dan pembiayaan berbasis kas, serta mengakui aset, utang, dan ekuitas dana berbasis akrual. Kedua SAP ini kemudian dinyatakan dalam bentuk Pernyataan Standar Akuntansi pemerintahan (PSAP).
Perbedaan utama antara SAP Berbasis Kas Menuju Akrual dengan SAP Berbasis Akrual terletak pada PSAP 12 mengenai Laporan Operasional. Entitas melaporkan secara transparan besarnya sumber daya ekonomi yang didapatkan, dan besarnya beban yang ditanggung untuk menjalankan kegiatan pemerintahan. Surplus/defisit operasional merupakan penambahan atau pengurang ekuitas/kekayaan bersih entitas pemerintahan bersangkutan.
Komponen Laporan Keuangan kedua SAP ini juga tentunya akan berbeda. Untuk SAP Berbasis Kas Menuju Akrual Laporan keuangan Pokok yang disusun adalah Laporan Realisasi Anggaran (LRA), Neraca, Laporan Arus Kas (LAK), dan Catatan atas Laporan Keuangan (CaLK). sedangkan untuk SAP Berbasis Akrual Laporan Keuangan Pokok yang disusun adalah Laporan Realisasi Anggaran (LRA), Laporan Perubahan Saldo Anggaran Lebih (SAL), Neraca, Laporan Operasional (LO),Laporan Arus Kas (LAK), dan Catatan atas Laporan Keuangan (CaLK). Berdasarkan Permendagri No.79 tahun 2018, BLUD wajib menyusun Laporan Keuangan yang terdiri dari Laporan Realisasi Anggaran (LRA), Laporan Perubahan Saldo Anggaran Lebih (SAL), Neraca, Laporan Operasional (LO), Laporan Arus Kas (LAP), Laporan Perubahan Ekuitas, dan Catatan atas Laporan Keuangan. Laporan Keuangan yang disebutkan pada peraturan ini merupakan laporan keuangan yang disusun oleh entitas yang menerapkan SAP berbasis akrual. Sehingga dapat kita simpulkan bahwa BLUD merupakan suatu entitas akuntansi yang menerapkan SAP Berbasis Akrual sebagai Standar Akuntansinya dan SAP Berbasis Akrual sebagai dasar penyusunan Laporan Keuangannya.