Sistem kepegawaian yang diterapkan setelah Puskesmas menjadi Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) dapat dituangkan dalam dokumen Pola Tata Kelola. Struktur organisasi dijelaskan pada draf Peraturan Kepala Daerah yang diajukan beserta dengan lampiran struktur organisasi dan Standar Operasional Prosedur yang diterapkan di puskesmas BLUD. Struktur organisasi yang dilampirkan memuat susunan pejabat puskesmas sebelum dan sesudah menjadi BLUD. Sebelum diterapkannya Pola Pengelolaan Keuangan (PPK) BLUD, organisasi puskesmas antara lain terdiri atas Kepala Puskesmas, Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Penanggung jawab Upaya Kesehatan Masyarakat (UKM), Penanggung jawab Upaya Kesehatan Perseorangan (UKP), dan Penanggung jawab jaringan pelayanan Puskesmas dan Jejaring Fasilitas Pelayanan Kesehatan.
Setelah puskesmas menerapkan PPK BLUD, struktur pejabat pengelola BLUD ialah sebagai berikut: Pemimpin BLUD; Pejabat Keuangan; dan Pejabat Teknis (penanggungjawab program). Pemimpin BLUD diangkat dan diberhentikan oleh Kepala Daerah dan bertanggung jawab kepada Kepala Daerah melalui Dinas Kesehatan. Pejabat Keuangan dan Pejabat Teknis diangkat, diberhentikan, dan bertanggungjawab kepada Pemimpin BLUD. Pemimpin BLUD bertanggung jawab terhadap operasional dan keuangan BLUD secara umum. Pejabat Keuangan BLUD bertanggungjawab terhadap keuangan BLUD dan Pejabat Teknis BLUD bertanggung jawab terhadap mutu, standarisasi, administrasi, peningkatan kualitas sumber daya manusia, dan peningkatan sumber daya lainnya.
Pada dokumen pola tata kelola juga memuat pengelolaan sumber daya manusia yang ada di BLUD. Pengelolaan sumber daya manusia merupakan pengaturan dan kebijakan yang jelas mengenai sumber daya manusia yang berorientasi pada pemenuhan secara kuantitatif dan kualitatif/kompeten untuk mendukung pencapaian tujuan organisasi secara efisien, efektif, dan produktif. Sumber daya yang dimaksud terdiri atas tenaga kesehatan dan tenaga non kesehatan. Ketentuan mengenai pengelolaan SDM non PNS diatur lebih lanjut dengan Peraturan Bupati mulai dari rekrutmen, seleksi, pengangkatan, penempatan, mutasi, promosi, reward punishment, sampai dengan pemutusan hubungan kerja termasuk pensiun. Â Terkait dengan remunerasi, pejabat pengelola BLUD dan pegawai BLUD dapat diberikan remunerasi sesuai dengan tingkat tanggung jawab dan tuntutan profesionalisme yang diperlukan yang dapat berupa gaji, tunjangan tetap, honorarium, insentif, bonus atas prestasi, pesangon dan/ atau pensiun.