BPJS Kesehatan dalam menyelenggarakan jaminan kesehatan, menggunakan system pembiayaan Kapitasi di Faskes Tingkat Pertama. Sistem pembayaran kapitasi adalah system pembayaran yang dilaksanakan pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama khususnya Pelayanan Rawat Jalan yang bekerjasama dengan BPJS Kesehatan yang didasarkan pada jumlah peserta yang terdaftar di Faskes tersebut dikalikan dengan besaran Kapitasi per jiwa. System pembayaran ini adalah pembayaran di muka atau prospektif dengan konsekuensi pelayanan kesehatan dilakukan secara pra upaya atau sebelum peserta BPJS jatuh sakit. Sistem ini mendorong Faskes Tingkat Pertama untuk bertindak secara efektif dan efisien serta mengutamakan kegiatan preventif. BPJS Kesehatan sesuai ketentuan wajib membayarkan Kapitasi kepada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama paling lambat tanggal 15 setiap bulannya. Sesuai dengan Pasal 38 Peraturan Presiden Nomor 111 Tahun 2013 tentang perubahan Perpres 12 Tahun 2013.
Pelayanan Kesehatan yang termasuk di dalam cakupan pembayaran kapitasi di Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama dalam Pasal 16 Permenkes 71 Tahun 2013 Pelayanan Kesehatan Tingkat Pertama merupakan pelayanan kesehatan non spesialistik yang meliputi administrasi pelayanan, pelayanan promotif dan preventif; pemeriksaan, pengobatan, dan konsultasi medis, tindakan medis non spesialistik, baik operatif maupun non operatif, pelayanan obat dan bahan medis habis pakai, pemeriksaan penunjang diagnostik laboratorium tingkat pratama.
Dalam Pasal 17 Permenkes 71 Tahun 2013, Pelayanan Kesehatan Tingkat Pertama sebagaimana dimaksud dalam Pasal 16 untuk pelayanan medis mencakup:
Kasus medis yang dapat diselesaikan secara tuntas di Pelayanan Kesehatan Tingkat Pertama;
a. Kasus medis yang membutuhkan penanganan awal sebelum dilakukan rujukan;
b. Kasus medis rujuk balik;
c. Pemeriksaan, pengobatan, dan tindakan pelayanan kesehatan gigi tingkat pertama;
d. Rehabilitasi medik dasar.