Fleksibilitas yang diberikan berupa keleluasaan untuk menerapkan praktek-praktek bisnis yang sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa. Disamping itu, juga diberikan kesempatan untuk mempekerjakan tenaga professional non PNS serta kesempatan pemberian imbalan jasa kepada pegawai sesuai dengan kontribusinya. Ketentuan tersebut merupakan pengecualian dari ketentuan pengelolaan keuangan Negara pada umumnya.
Sayangnya, sebagian besar Puskesmas bersatus non BLUD sehingga tidak fleksibel dalam pengelolaan keuangannya. Berbagai masalah administratif dan procedural pengelolaan keuangan yang rumit harus dipenuhi. Akibatnya dapat menghambat pelayanan kesehatan kepada Peserta program Jaminan Kesehatan. Belum lagi jika dikaitkan dengan peningkatan volume kerja yang tidak sebanding dengan remunerasi para dokter dan perawat di Puskesmas. Masalahnya semakin kompleks.
Karena itulah, pemerintah merencanakan seluruh Puskesmas akan diubah statusnya menjadi BLUD. Rencana tersebut dapat dipahami. Karena dengan menjadi BLUD, Puskesmas dapat memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan pelayanan kesehatan yang didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas tanpa mengutamakan mencari keuntungan. Namun demikian, masalahnya ialah bagaimana mempercepat proses pengusulan Puskesmas untuk memperoleh izin mengelola keuangannya dengan Pola Pengelolaan Keuangan BLU (PPK BLUD).
Puskesmas yang akan diusulkan menjadi BLUD harus memenuhi persyaratan substantif,teknis dan administratif sebagaimana ditentukan dalam Pasal 4 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan BLUD. Pasal tersebut menentukan “Suatu satuan kerja instansi pemerintah dapat diizinkan mengelola keuangan dengan PPK BLUD apabila memenuhi persyaratan substantif, teknis dan administratif.
Kemudian Pasal 5 ayat (1) Peraturan Pemerintah tersebut menentukan bahwa Menteri/pimpinan lembaga/ kepala SKPD mengusulkan instansi pemerintah yang memenuhi persyaratan substantif, teknis dan administratif untuk menerapkan PPK BLUD kepada Menteri keuangan/ gubernur/ bupati/ walikota, sesuai dengan kewenangannya.
Selanjutnya, Menteri Keuangan/ gubernur/ bupati/ walikota menetapkan instansi pemerintah yang telah memenuhi persyaratan untuk menerapkan PPK BLUD. Banyak pihak yang terkait dalam proses penetapan Puskesmas menjadi BLUD. Karena itu, sinergi diantara para pihak yang terkait diperlukan untuk mempercepat perubahan status puskesmas menjadi BLUD.
Pekerjaan besar ini memerlukan kerjasama dan koordinasi yang mantap. Lebih-lebih lagi, waktu yang tersedia sangat singkat untuk menyelesaikan proses pemberian izin kepada Puskesmas untuk menerapkan PPK BLUD, agar tidak ada dualisme status Puskesmas dan pengelolaan keuangannya dapat lebih fleksibel.
Dengan ditetapkannya seluruh Puskesmas menjadi BLUD diharapkan dapat meningkatkan tanggung jawab seluruh jajaran Puskesmas dalam menyajikan layanan kesehatan  yang menjadi hak  Peserta program Jaminan Kesehatan. Sementara itu, menteri/ pimpinan lembaga induk bertanggung jawab atas kebijakan layanan yang hendak dihasilkan. Dengan pembagian pertanggung jawaban yang lebih jelas, diharapkan pelaksanaan pelayanan kesehatan akan lebih baik. Masing-masing dapat lebih fokus dalam melaksanakan tugas pokoknya.