Pengelolaan Dana Kapitasi Jaminan Kesehatan Nasional (JKN) telah diatur dalam Peraturan Menteri Kesehatan No. 21 Tahun 2016. Peraturan tersebut menjelaskan secara rinci tentang Penggunaan Dana Kapitasi Jaminan Kesehatan Nasional untuk Jasa Pelayanan Kesehatan dan Dukungan Biaya Operasional pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama (FKTP) Milik Pemerintah Daerah.
Dana JKN merupakan jaminan berupa perlindungan kesehatan agar peserta memperoleh manfaat pemeliharaan kesehatan dan perlindungan dalam memenuhi kebutuhan dasar kesehatan yang diberikan kepada setiap orang yang telah membayar iuran atau iurannya dibayar oleh pemerintah. Secara khusus, peraturan tersebut ditujukan untuk FKTP yang belum menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD).
Dana yang diterima kemudian dikelola oleh masing-masing FKTP untuk dialokasikan ke dalam dua hal, yaitu pembayaran jasa pelayanan kesehatan dan dukungan biaya operasional pelayanan kesehatan. Jasa pelayanan diberikan kepada tenaga kesehatan dan tenaga non kesehatan yang melakukan pelayanan pada FKTP.
Besarnya alokasi dana yang digunakan untuk membayar jasa pelayanan kesehatan adalah sekurang-kurangnya 60% dari seluruh dana JKN yang diterima, Selisih antara total dana kapitasi JKN dengan dana yang dialokasikan untuk membayar jasa pelayanan kesehatan digunakan untuk membiayai dukungan biaya operasional pelayanan kesehatan, yang meliputi biaya obat, alat kesehatan dan bahan medis habis pakai, serta biaya operasional pelayanan kesehatan lainnya yaitu untuk belanja operasional barang dan belanja modal.
Sisa dari alokasi dana JKN yang dimiliki oleh FKTP dapat dimanfaatkan untuk tahun anggaran berikutnya yang harus dimasukkan dalam rencana pendapatan dan belanja Dana Kapitasi JKN yang dianggarkan dalam Rencana Kerja dan Anggaran Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Dinas Kesehatan sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Pemanfaatan sisa dana JKN hanya dapat digunakan untuk membiayai kegiatan yang sejenis dengan alokasi sebelumnya, yaitu sisa alokasi dana untuk pembayaran jasa pelayanan kesehatan hanya dapat dimanfaatkan untuk membiayai jasa pelayanan kesehatan pada tahun anggaran berikutnya, begitu pula dengan kegiatan dukungan biaya operasional pelayanan kesehatan.
Adanya Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 21 Tahun 2016 Tentang Penggunaan Dana Kapitasi dan Jaminan Kesehatan Nasional, maka Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 19 Tahun 2014 tentang Penggunaan Dana Kapitasi Jaminan Kesehatan Nasional untuk Jasa Pelayanan Kesehatan dan Dukungan Biaya Operasional Pada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama Milik Pemerintah Daerah (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 589), dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.
Berikut lampiran: Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 21 Tahun 2016 Tentang Penggunaan Dana Kapitasi dan Jaminan Kesehatan Nasional