Pejabat pengelola BLUD dalam Permendagri No. 61 tahun 2007 dapat dibedakan menjadi 3 (tiga), yaitu (1) Pemimpin; (2) Pejabat Keuangan; dan (3) Pejabat Teknis. Akan tetapi sebutan pemimpin, pejabat keuangan, dan pejabat teknis dapat disesuaikan dengan penamaan yang berlaku pada SKPD atau Unit Kerja yang menerapkan PPK-BLUD.
Pengangkatan dalam jabatan dan penempatan pejabat pengelola BLUD ditetapkan berdasarkan kompetensi dan kebutuhan praktik bisnis yang sehat. Kompetensi merupakan kemampuan dan keahlian yang dimiliki oleh pejabat pengelola BLUD berupa pengetahuan, keterampilan, dan sikap perilaku yang diperlukan dalam pelaksanaan tugas jabatannya. Sedangkan, kebutuhan praktik bisnis yang sehat merupakan kepentingan BLUD untuk meningkatkan kinerja keuangan dan non keuangan berdasarkan kaidah-kaidah manajemen yang baik. Pejabat pengelola BLUD diangkat dan diberhentikan oleh kepala daerah. Pemimpin BLUD bertanggungjawab kepada kepala daerah melalui sekretaris daerah. Sedangkan pejabat keuangan dan pejabat teknis BLUD bertanggungjawab kepada pemimpin BLUD.
Pemimpin BLUD mempunyai fungsi penanggungjawab umum operasional dan keuangan BLUD yaitu (a) memimpin, mengarahkan, membina, mengawasi, mengendalikan, dan mengevaluasi penyelenggaraan kegiatan BLUD;Â (b) menyusun renstra bisnis BLUD; (c) menyiapkan RBA; (d) mengusulkan calon pejabat pengelola keuangan dan pejabat teknis kepada kepala daerah; (e) menetapkan pejabat lainnya sesuai kebutuhan BLUD; dan (f) menyapaikan dan mempertanggunjawabkan kinerja operasional serta keuangan BLUD kepada kepala daerah.
Pejabat keuangan mempunyai fungsi sebagai penanggungjawab keuangan BLUD yaitu (a) mengkoordinasikan penyusunan RBA; (b) menyiapkan DPA-BLUD; (c) melakukan pengelolaan pendapatan dan biaya; (d) menyelenggarakan pengelolaan kas; (e) melakukan pengelolaan utang-piutang; (f) menyusun kebijakan pengelolaan barang, aset tetap dan investasi; (g) menyelenggarakan sistem informasi manajemen keuangan; dan (h) menyelenggarakan akuntansi dan penyusunan laporan keuangan.
Pejabat teknis BLUD mempunyai fungsi sebagai penanggungjawab teknis di bidang masing-masing yaitu (a) menyusun perencanaan kegiatan teknis di bidangnya; (b) melaksanakan kegiatan teknis sesuai dengan RBA; dan (c) mempertanggungjawabkan kinerja operasional di bidangnya.
Pejabat pengelola dan pegawai BLUD dapat berasal dari pegawai negeri sipil (PNS) dan/ atau non PNS yang profesional sesuai dengan kebutuhan. Untuk pejabat pengelola dan pegawai BLUD yang berasal dari non PNS dapat dipekerjakan secara tetap atau berdasarkan kontrak. Dimana pengangkatan dan pemberhentian pejabat pengelola dan pegawai BLUD yang berasal dari PNS disesuaikan dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Sedangkan pengangkatan dan pemberhentian pegawai BLUD yang berasal dari non PNS dilakukan berdasarkan prinsip efisiensi, ekonomis, dan produktif dalam meningkatkan pelayanan.
Pemimpin BLUD-SKPD merupakan pejabat pengguna anggaran/ barang daerah. Dalam hal pemimpin BLUD-SKPD berasal dari non PNS, maka pejabat keuangan BLUD wajib berasal dari PNS yang merupakan pejabat pengguna anggaran/ barang daerah. Sedangkan pemimpin BLUD-Unit Kerja merupakan pejabat kuasa pengguna anggaran/ barang daerah pada SKPD induknya sehingga dalam hal pemimpin BLUD-Unit Kerja berasal dari non PNS, maka pejabat keuangan BLUD wajib berasal dari PNS yang merupakan pejabat kuasa pengguna anggaran/ barang daerah pada SKPD induknya.
Untuk pengangkatan dan pemberhentian pejabat pengelola dan pegawai BLUD yang berasal dari non PNS diatur lebih lanjut dengan keputusan kepala daerah.