Pengembangan kelembagaan sering dikenal juga sebagai pembinaan kelembagaan, yang didefinisikan sebagai proses untuk memperbaiki kemampuan lembaga guna mengefektifkan penggunaan Sumber Daya Manusia (SDM) dengan keuangan yang tersedia. Pengembangan kelembagaan menyangkut sistem manajemen, termasuk pemantauan dan evaluasi, perencanaan dan lain-lain. Pengembangan kelembagaan yang diterapkan dalam BLU berkaitan dengan penataan organisasi dan fungsi-fungsi. Yang perlu menjadi perhatian adalah memperbaiki sikap birokrasi dalam hubungan dengan masyarakatnya.
Birokrasi harus membangun partisipasi masyarakat, bergeser dari yang mengendalikan menjadi mengarahkan dan memberdayakan, mengembangkan transparansi dan akuntabilitas. Keterbukaan dan keertanggungjawaban ditekankan sebagai hakikat dari upaya pengembangan kelembagaan. Kebijakan BLU dituntut agar transparan dan dapat dipertanggungjawabkan. Pengembangan kelembagaan yang demikian akan menghasilkan BLU yang makin tanggap dalam menghadapi tantangan dan lebih tangkas dalam memanfaatkan peluang dan mengatasi masalah.
Akuntabilitas dan transparansi tidak hanya menyodorkan takaran harga kinerja lembaga pemerintah tapi juga menjadi cermin tingkat independensinya. Kemandirian lembaga memiliki modal utama berupa kejelasan identitas lembaga yang bersangkutan beserta tujuan dan tugas-tugas strategis yang harus dikerjakan sehingga suatu lembaga tersebut memiliki sejumlah koridor sebagai bahan kontrol dan antisipasi dari segenap potensi penyimpangan.
Keterbukaan dan kebertanggungjawaban BLU dapat diterapkan melalui regulasi yang ditetapkan. Dalam hal ini BLU didasari oleh Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 74 Tahun 2012 yang membahas mengenai Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (BLU). Peningkatan kelambagaan BLU juga terimplementasi dari fleksibilitas pengelolaan keuangan yang menggunakan prinsip efisiensi dan produktivitas untuk mendukung pencapaian kesejahteraan rakyat dan mencerdaskan kehidupan bangsa. BLU merupakan contoh konkrit instansi pemerintah yang pengelolaannya berbasis kinerja dengan meningkatkan sisi akuntabilitas dan seluruh pendapatan dan pengeluaran BLU tercatat pada anggaran pemerintah. Lebih dari 90% BLU memberikan pelayanan kesehatan dan pendidikan, sisanya memberikan pelayanan untuk mendukung kemampuan finansial koperasi, usaha kecil, mikro, dan menengah, dukungan pengembangan industri, pemasyarakatan hasil penelitian dan pengembangan teknologi, dan pengelolaan kawasan untuk percepatan pengembangan investasi. Pada sisi regulasi, selama satu dasawarsa terakhir BLU guna mendukung peningkatan pelayanan. Konsep BLU pada dasarnya mengadopsi praktek bisnis yang sehat, walaupun tidak mengutamakan mencari keuntungan.