Setelah menjadi BLUD memiliki kewajiban untuk menyusun laporan keuangan berbasis standar akuntansi keuangan (SAK) dan standar akuntansi pemerintahan (SAP). Laporan keuangan berbasis SAK dan SAP merupakan dua laporan keuangan yang berbeda. Laporan keuangan SAK menggunakan basis akrual dan menerapkan standar akuntansi keuangan yang diterbitkan oleh asosiasi profesi akuntansi Indonesia sesuai dengan jenis industrinya. Dalam hal ini jenis industri yang sesuai dengan BLUD adalah industri nirlaba, sehingga menggunakan PSAK 45 sebagai acuan dalam penyusunan laporan keuangan SAK. Laporan keuangan SAP menggunakan basis kas dan menggunakan PSAP 13 tentang penyajian laporan keuangan BLU sebagai dasar penyusunan laporan keuangan SAP.
Penyusunan laporan keuangan SAK dan SAP bagi BLUD memiliki tujuan yang berbeda. Tujuan penyusunan laporan keuangan SAK adalah untuk menyajikan data hasil pencapaian kinerja keuangan suatu entitas secara akurat menggunakan basis akrual, karena BLUD merupakan entitas pelaporan keuangan. Sedangkan tujuan penyusunan laporan keuangan SAP adalah untuk konsolidasi atau integrasi data laporan keuangan BLUD ke laporan keuangan pemerintah daerah/kementerian negara/Lembaga. Hal ini dikarenakan BLUD tetap menjadi satu kesatuan perangkat pemerintahan.
Proses penyusunan laporan keuangan SAK dan SAP dapat dilakukan dalam satu proses akuntansi menggunakan software keuangan BLUD Syncore, walaupun keduanya menggunakan basis pengakuan yang berbeda. Hal ini dikarenakan pada dasarnya data yang dibutuhkan untuk penyusunan kedua laporan keungan tersebut adalah sama, yaitu data transaksi keuangan harian dari bendahara penerimaan, bendahara pengeluaran, petugas persediaan, petugas asset dan bagian akuntansi. Software keuangan BLUD Syncore melakukan olah data dari inputan penerimaan dan pengeluaran menjadi laporan keuangan berbasis SAK. Posting data dilakukan secara otomatis oleh software, sehingga tidak perlu lagi melakukan siklus akuntansi manual. Output dari software adalah laporan keuangan SAK BLUD.
Penyusunan laporan keuangan SAP dapat dilakukan dengan menambah satu langkah setelah penyusunan laporan keuangan SAK. Langkah tersebut adalah melakukan mapping dari laporan mutasi saldo per akun kedalam format laporan keuangan SAP. Laporan mutase saldo per akun dihasilkan oleh software keuangan BLUD Syncore, isinya menyajikan data rincian mutasi penambahan atau penguarangan saldo setiap akun sehingga menghasilkan saldo akhir yang akan muncul di laporan keuangan. Dari saldo akhir setiap akun tersebut kemudian di mappingkan kedalam format laporan keuangan SAP yang sudah disesuaikan dengan PSAP 13.