Sejak ditetapkannya Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 61 Tahun 2007 tentang Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah tersebut, beberapa SKPD atau Unit Kerja pada SKPD yang memberi pelayanan langsung pada masyarakat telah menerapkan PPK-BLUD. Pelayanan tersebut, antara lain berkaitan dengan bidang kesehatan, pendidikan, wisata daerah, air minum, pengelolaan kawasan, dan pengelolaan dana khusus. Laporan keuangan SKPD BLUD meliputi neraca (laporan posisi keuangan), laporan operasional, laporan perubahan ekuitas, laporan arus kas, catatan atas laporan keuangan, laporan realisasi anggaran, dan laporan perubahan saldo anggaran lebih. Penyusunan laporan keuangan harus sesuai dengan Standar Akuntansi Keuangan (SAK). SKPD yang telah menjadi BLUD akan menyusun laporan keuangan berbasis SAK dan SAP. Laporan keuangan yang berbasis SAP akan di gunakan untuk konsolidasi keuangan.
Dalam pengelolaan keuangan, BLUD diberikan fleksibilitas antara lain berupa pengelolaan pendapatan dan biaya, pengelolaan kas, pengelolaan utang, pengelolaan piutang, pengelolaan investasi, pengadaan barang dan/atau jasa, pengelolaan barang, penyusunan akuntansi, pelaporan dan pertanggungjawaban, pengelolaan sisa kas di akhir tahun anggaran dan defisit, kerjasama dengan pihak lain, pengelolaan dana secara langsung dan perumusan standar, kebijakan, sistem, dan prosedur pengelolaan keuangan. Sehingga diharapkan dengan adanya fleksibilitas pengelolaan keuangan tersebut kinerja keuangan SKPD BLUD dapat mengalami peningkatan secara komprehensif dari tahun ke tahun. SKPD yang telah menjadi BLUD akan diawasi oleh dewan pengawas dalam pelaksanaan operasionalnya.
Setelah SKPD menjadi BLUD untuk sisa kas di akhir tahun anggaran BLUD, apabila pada akhir tahun anggaran ada sisa kas di akhir tahun anggaran pada BLUD, maka sisa kas di akhir tahun anggaran tersebut tidak disetor ke Kas Daerah, akan tetapi dilaporkan ke PPKD yang merupakan bagian dari SiLPA Pemerintah Daerah, dan dapat digunakan untuk tahun anggaran berikutnya. Sisa Kas di akhir tahun anggaran dapat disetor ke Kas Daerah sepanjang ada permintaan Kepala Daerah, dengan mempertimbangkan tidak mengganggu likuiditas keuangan BLUD dalam memberi pelayanan; dan adanya kondisi mendesak, kalau tidak segera ditangani akan menimbulkan kerugian yang lebih besar.