Kerugian pada BLUD yang disebabkan oleh tindakan melanggar hukum atau kelalaian seseorang, diselesaikan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan mengenai penyelesaian kerugian daerah.
 Ketentuan Pasal 63 ayat (21) Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara pasal (1) berbunyi Pengenaan ganti kerugian negara/daerah terhadap pegawai negeri bukan bendahara ditetapkan oleh menteri/pimpinan lembaga/gubernur/bupati/walikota, selanjutnya pada pasal (2) berbunyi Tata cara tuntutan ganti kerugian negara/daerah diatur dengan peraturan pemerintah. Oleh karena itu perlu menetapkan Peraturan Pemerintah tentang Tata Cara Tuntutan Ganti Kerugian Negara/Daerah Terhadap Pegawai Negeri Bukan Bendahara atau Pejabat Lain yaitu Peraturan Pemerintah nomor 38 tahun 2016 tentang Tata Cara Tuntutan Ganti Kerugian Negara/Daerah terhadap Pegawai Negeri Bukan Bendahara atau Pejabat Lain.
Informasi terjadinya Kerugian Daerah bersumber dari tujuh sumber yaitu:Â
- Hasil pengawasan yang dilaksanakan oleh atasan langsung
- Kedua Aparat Pengawasan Internal Pemerintah
- Ketiga pemeriksaan Badan Pemeriksa Keuangan
- Laporan tertulis yang bersangkutan
- Informasi tertulis dari masyarakat secara bertanggung jawab
- Perhitungan ex officio
- Pelapor secara tertulis
Kepala satuan kerja wajib melakukan verifikasi terhadap informasi dan dapat menunjuk Pegawai Aparatur Sipil Negara atau Anggota Tentara Nasional Indonesia atau Anggota Kepolisian Negara Republik Indonesia atau Pejabat Lain untuk melakukan tugas verifikasi terhadap informasi tersebut. Jika hasil verifikasi terdapat indikasi Kerugian Daerah ditindaklanjuti dengan:
- Indikasi kerugian daerah yang dilakukan oleh Kepala Satuan Kerja Pengelola Keuangan maka Daerah Gubernur, Bupati, atau Walikota memberitahukan kepada Badan Pemeriksa Keuangan.
Laporan atau pemberitahuan diatas disampaikan paling lambat 7 (tujuh) hari kerja setelah diperoleh informasi terjadinya Kerugian Daerah. Dalam hal Pegawai Aparatur Sipil Negara/Pejabat Lain tidak melaksanakan kewajiban Laporan tersebut maka dikenakan sanksi administratif sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
Sistem dan prosedur penyelesaian kerugian daerah dapat diuraikan sebagai berikut:
- Berdasarkan laporan hasil verifikasi Pejabat Penyelesaian Kerugian Daerah (PPKD) yang merupakan Gubernur, Bupati, atau Walikota, dalam hal kerugian daerah dilakukan oleh Pegawai Negeri Bukan Bendahara atau Pejabat Lain di lingkungan Pemerintahan Daerah harus menyelesaikan Kerugian Negara/Daerah dengan melaksanakan Tuntutan Ganti Kerugian.
Sumber :
Permendagri Nomor 61 Tahun 2007 Tentang Pedoman Teknis Pengelolaan Keuangan BLUD