Kebijakan pemerintah untuk menerapkan model agensifikasi (agencification). Agensifikasi (agencification) merupakan organisasi publik yang diberi fleksibilitas dalam pengelolaan organisasi, baik secara otonom atau semi otonom, untuk dapat meningkatkan kualitas layanan jasanya dengan mengedepankan prinsip efisiensi dan efektivitas. Adapun Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum yang bertujuan untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan. Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 79 Tahun 2018 merupakan sistem yang diterapkan oleh unit pelaksana teknis dinas / badan daerah dalam memberikan pelayanan kepada masyarakat yang mempunyai fleksibilitas dalam pola pengelolaan keuangan sebagai pengecualian dari ketentuan pengelolaan daerah pada umumnya.
Akuntansi dan laporan keuangan BLUD diselenggarakan sesuai dengan Standar Akuntansi Keuangan (SAK) sesuai dengan jenis layanannya.Dalam hal ini tidak terdapat standar akuntansi keuangan, BLUD dapat menerapkan standar akuntansi industri yang spesifik setelah mendapat persetujuan dari Menteri Keuangan. Selanjutnya dalam rangka pertanggungjawaban atas pengelolaan keuangan dan kegiatan pelayanan BLUD menyusun dan menyajikan laporan keuangan dari laporan kinerja. Laporan keuangan yang disusun meliputi laporan operasional (dapat dalam bentuk laporan aktivitas/laporan surplus defisit), neraca, laporan arus kas, dan catatan atas laporan keuangan, disertai laporan mengenai kinerja Laporan keuangan BLUD merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari laporan pertanggungjawaban keuangan UPTD.
Penggabungan laporan keuangan BLUD pada laporan keuangan UPTD dilakukan sesuai dengan standar akuntansi pemerintahan (SAP) yang meliputi laporan realisasi anggaran, saldo anggaran lebih, neraca, laporan operasional, laporan perubahan ekuitas dan catatan atas laporan keuangan). Selain itu, dengan adanya standar akuntansi dalam penyusunan laporan keuangan, BLU mengalami kesulitan karena harus menyelenggarakan dua sistem pelaporan. Untuk menyederhanakan pelaporan keuangan BLU, serta sejalan dengan penerapan akuntansi berbasis akrual, maka KSAP menyusun konsep PSAP (Pernyataan standar akuntansi Pemerintah) tentang penyajian laporan keuangan BLU tersebut akan efektif bila PP 23 tahun 2005 yang mengatur basis penyajian laporan keuangan BLU.