Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 pasal 1 menyebutkan bahwa Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) adalah satuan kerja perangkat daerah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan namun didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas. Selanjutnya, pasal 2 menyebutkan bahwa pemberian layanan umum secara lebih efektif dan efisien sejalan dengan praktek bisnis yang sehat yang pengelolaan dilakukan berdasarkan kewenangan yang didelegasikan oleh kepala daerah.
Susunan kelembagaan yang ada dalam BLUD mencakup pemilik, pemimpin, pengelola keuangan, pengelola teknis serta dewan pengawas. Pemilik BLU memiliki kewenangan untuk menunjuk dan mengangkat pemimpin BLU. Pemimpin BLU berfungsi sebagai penanggung jawab umum, operasional dan keuangan BLU yang berkewajiban untuk menyiapkan rencana strategis bisnis BLU, menyiapkan RBA tahunan, mengusulkan calon pejabat keuangan dan teknis sesuai ketentuan yang berlaku dan menyampaikan pertanggungjawaban kinerja operasional dan keuangan BLU. Pejabat keuangan berfungsi sebagai penanggung jawab bidang keuangan dan pejabat teknis berfungsi sebagai penanggung jawab teknis di bidang masing-masing serta ada pula dewan pengawas yang bertugas melakukan pengawasan terhadap pengelolaan BLUD.
Kelembagaan dalam BLUD juga tidak dapat terlepas dari struktur organisasi dan tata laksana. Organisasi dan tata laksana mencakup struktur organisasi yang menggambarkan posisi jabatan beserta wewenang/tanggung jawabnya, prosedur kerja, pengelompokan fungsi yang logis serta ketersediaan dan pengembangan sumber daya manusia. Adapun akuntabilitas juga termasuk dalam kelembagaan BLUD. Akuntabilitas ini dibagi menjadi tiga yaitu akuntabilitas program, akuntabilitas kegiatan dan akuntabilitas keuangan. Ketiga akuntabilitas tersebut mengandung kebijakan-kebijakan, mekanisme atau prosedur, media pertanggungjawaban dan periodisasi pertanggungjawaban program yang harus dikelola dengan baik agar BLUD dapat berjalan dengan maksimal.
Terdapat beberapa perubahan mendasar pasca suatu badan menjadi Badan Layanan Umum Daerah. Salah satu contohnya adalah puskesmas. Saat puskesmas telah berstatus menjadi BLUD maka akan ada perubahan seperti kepala puskesmas menjadi kuasa pengguna anggaran BLUD, kemudian juga ada kewajiban untuk membuat rencana bisnis dna anggaran, pengesahan penggunaan anggaran setiap triwulan dan membuat laporan keuagan berbasis SAK di setiap semesternya. Selain itu laporan keuangan yang dibuat oleh puskesmas sebagai BLUD akan diaudit oleh auditor eksternal. Untuk itu, sumber daya yang baik dan mumpuni diperlukan agar keberjalanan BLUD dapat berhasil.