Pengelola Sumber Daya Manusia (SDM) di Indonesia dilakukan oleh badan-badan pemerintah seperti Departemen Tenaga Kerja beserta seluruh instansi vertikal, dan badan perencana Departemen dan Lembaga Non Departemen lain yang terkait. Pengelolaan SDM didasarkan pada prinsip-prinsip Manajemen SDM (MSDM) yang meliputi prinsip kemanusiaan, demokrasi, the right man is the right place, equal pay for equal work, kesatuan arah, kesatuan komando, efisiensi, efetivitas, produktivitas kerja, disiplin, serta wewenang dan tanggungjawab.
Menurut Peraturan Menteri Dalam Negeri No. 79 tahun 2018 Pasal 39-40 mengenai pola tata kelola, BLUD beroperasi berdasarkan kelembagaan, prosedur kerja, pengelompokan fungsi, dan pengelolaan sumber daya manusia. Pengelolaan sumber daya manusia sebagaimana dimaksud dalam Pasal 39, memuat kebijakan mengenai pengelolaan sumber daya manusia yang berorientasi pada peningkatan pelayanan kepada masyarakat.
BLUD harus diimbangi dengan peningkatan kualitas SDM. Peningkatan status BLUD adalah meningkatnya status satuan kerja atau unit kerja yang menerapkan PPK-BLUD bertahap menjadi satuan kerja atau unit kerja yang menerapkan PPK-BLUD penuh. Hal ini disebabkan oleh penyediaan laporan kinerja yang dituntut cepat, tepat, dan benar. Sehingga diperlukan pelatihan bagi SDM yang ada, namun tidak menutup kemungkinan dapat juga merekrut tenaga kerja non PNS untuk membantu pelaksanaan administrasi.
Pengembangan SDM perlu direncanakan dari segi kualitas dan kuantitas, serta perancangan job spesifikasi. Perencanaan kualitas meliputi tingkat pendidikan, skill, pengalaman, usia, dan lain-lain untuk masing-masing unit kerja dalam struktur organisasi tersebut. Perencanaan kuantitas dilakukan dengan merancang batas minimal jumlah karyawan di masing-masing unit kerja. Pengembangan SDM berkaitan dengan penyusunan jalur karir yang merupakan urut-urutan posisi (jabatan) sesuai dengan struktur organisasi. Sedangkan pengembangan kemampuan kerja adalah cara-cara untuk meningkatkan kemampuan karyawan baik secara informal maupun formal.
Kinerja karyawan juga membutuhkan penilaian untuk mengukur dan mengevaluasi tidak hanya hasil kerja tetapi juga sikap, perilaku, pengetahuan dan keterampilan/keahlian kerja SDM. Penilaian kerja meupakan alat terkendali agar yang dikerjakan SDM selaras dengan yang disyaratkan oleh BLUD. Pengelolaan sumber daya manusia pada pemerintahan untuk memberi pelayanan yang lebih baik bagi masyarakat. Dengan jumlah sumber daya yang ada pada BLUD, harus mampu memposisikan diri secara lebih baik untuk kualitas masyarakat yang lebih baik.