Fasilitas kesehatan tingkat pertama akan menerima dana kapitasi dari BPJS setiap bulan sesuai jumlah peserta BPJS yang terdaftar di FKTP tersebut. Sesuai Perpres 32 tahun 2014 dana kapitasi BPJS langsung ditransfer ke rekening dan dikelola langsung oleh puskesmas. Perpres tersebut sangat mendukung penyaluran dana BPJS, karena sebelumnya dana BPJS yang masuk ke kasda, dapat menghambat jalannya operasional puskesmas, terutama puskesmas yang belum menjadi badan layanan umum daerah. Berkat Perpres dana kapitasi dapat segera digunakan dan tidak ada potongan.
Dana kapitasi yang diterima langsung oleh FKTP akan dikelola oleh bendahara pengelola dana kapitasi BPJS. Saat bendahara menerima dana kapitasi dari BPJS maka akan dicatat pada BKM Jasa Layanan Non Tunai. Didalam sistem PPK BLUD pencatatan BKM Jasa Layanan Non Tunai adalah sebagai berikut:
- Pilih KEU
- Pilih Penerimaan
- Pilih BKM jasa Layanan Non Tunai
- Isikan Tanggal transaksi penerimaan dana kapitasi
- Isikan nomor bukti
- Klik pilih bank “Rekening Bank Penerimaan (BLUD)
- Isikan Uraian
- Klik Browse, Pilih Akun, Klik Pilih
- Isikan nominal
- Isikan Memo
- Klik Tambah
- Klik Simpan
Dana kapitasi BPJS yang besaran pembayaran per bulan dibayar dimuka kepada FKTP tersebut, diterima setiap pertengahan bulan yang bersangkutan. Dana tersebut akan dibuatkan rekening tersendiri atas nama jabatannya. Untuk mendapatkan dana kapitasi maka FKTP harus menyusun rencana pendapatan dan belanja tahun berjalan kepada Dinas Kesehatan setempat dan mengacu pada jumlah peserta BPJS yang terdaftar di FKTP. Sehingga karena dana kapitasi tersebut diakui sebagai pendapatan, maka harus dilakukan pencatatan atau pembukuan. Tugas fungsional lainnya yaitu bendahara Dana Kapitasi JKN melaksanakan pembayaran melalui persediaan uang tunai dan dapat dilakukan atas perintah pengguna anggaran/kuasa pengguna anggaran. Jika persyaratan tersebut di atas tidak terpenuhi, bendahara Dana Kapitasi JKN wajib menolak perintah pembayaran dari PA/KPA, karena bendahara Dana Kapitasi JKN bertanggungjawab secara pribadi atas pembayaran yang dilaksanakan. Dalam hal ini Dinas Kesehatan FKTP akan mengawasi/memeriksa apakah tidak terjadi overlap dana pembayaran antara kegiatan yang dibiayai dengan kapitasi BPJS.