Penetapan Badan Layanan Umum Daerah dapat dilakukan dengan beberapa tahap prosedur. Pertama, Kepala Unit Pelaksana Teknis Dinas/ Badan Daerah harus mengajukan permohonan penerapan BLUD terlebih dahulu kepada kepala SKPD. Kepala SKPD kemudian mengajukan permohonan kepada kepala daerah melalui sekretaris daerah. Pengajuan permohonan tersebut dengan melampirkan dokumen persyaratan administratif yang telah dibuat. Dokumen persyaratan administratif ada 6 yaitu surat pernyataan meningkatkan kinerja, dokumen standar pelayanan minimal, dokumen tata kelola, dokumen laporan keuangan pokok, dokumen rencana strategis serta surat pernyataan bersedia untuk diaudit.
Kepala daerah kemudian melakukan penilaian terhadap permohonan penerapan BLUD dengan membentuk tim penilai yang telah ditetapkan dengan keputusan kepala daerah. Tim penilai tersebut menurut Pasal 47 ayat 3 Permendagri 79 Tahun 2018 disebutkan minimal beranggotakan sekretaris daerah sebagai ketua, PPKD sebagai sekretaris, kepa;a SKPD yang membidangi kegiatan BLUD sebagai anggota, kepala SKPD yang membidangi perencanaan pembangunan daerah sebagai anggota dan kepala SKPD yang membidangi pengawasan di pemerintah daerah sebagai anggota. Kemudian apabila diperlukan, maka tim penilai dapat melibatkan tenaga ahli yang berkompeten di bidangnya untuk dapat membantu pelaksanaan penilaian BLUD.
Tim penilai bertugas untuk menilai permohonann penerapan BLUD paling lama yaitu 3 bulan dan dalam melaksanakan tugasnya dapat berkoordinasi dengan Menteri melalui Direktur Jenderal Bina Keuangan Daerah. Hasil penilaian oleh tim disampaikan kepada kepala daerah sebagai bahan pertimbangan penetapan atau penolakan penerapan BLUD.
Penerapan BLUD akan ditetapkan dengan keputusan kepala daerah berdasaran hasil penilaian dari tim penilai dengan persetujuan kepala daerah. Keputusan kepala daerah disampaikan kepada pimpinan DPRD paling lama 1 bulan sejak tanggal yang ditetapkan.