Pengelolaan kerjasama di dalam PPK BLUD ini diperbolehkan sebab PPK BLUD ini menganut sistem fleksibilitas. Sistem fleksibilitas di sini berarti diperbolehkannyaa mengelola keuangan dan berbisnis secara sehat.
Masih banyak BLUD yang belum memahami mengenai fleksibilitas PPK BLUD, salah satunya yaitu diperbolehkannya bekerjasama dengan pihak lain, contohnya menyewakan ATM, membuka kantin di sekitar satker BLUD dan juga bekerjasama dengan beberapa pihak lainnya. Dengan catatan bahwa segala kerjasama ada payung hukum yang mengayomi.
Pimpinan BLUD diberikan wewenang untuk mengelola bisnis secara sehat, maksudnya adalah BLUD bukan mencari keuntungan namun fokus utamaya adalah tetap yaitu peningkatan pelayanan, dengan adanya peningkatan pelayanan yang baik secara terus menerus akan ada dampak peningkatan pendapatan, inilah dampak lain dari peningkatan pelayanan : laba.