Sebelum SKPD menerapkan BLUD, pendapatan yang di dapatkan oleh SKPD tersebut harus disetorkan terlebih dahulu ke Kasda mengikuti mekanisme APBD. Namun setelah SKPD ditetapkan sebagai BLUD pendapatan BLUD tersebut harus dikelola sendiri tanpa disetor dahulu ke Kasda, hanya perlu dilaporkan saja. Pendapatan tersebut juga dapat langsung dibelanjakan. Selain pendapatan, SKPD juga dapat lebih mudah dalam pengelolaan belanja, dimana pergeseran belanja lebih mudah sesuai dengan kebutuhan, namun tetap tidak boleh melebihi ambang batas. BLUD juga mendapatkan fleksibilitas dalam pengelolaannya, Fleksibilitas-fleksibilitas yang dimiliki BLUD adalah sebagai berikut:
- Pengelolaan pendapatan
- Pengelolaan belanja
- Pejabat pengelola dan pegawai
- Pengelolaan utang piutang
- Penetapan tarif
- Pengadaan barang dan jasa
- Pengelolaan surplus
- Kerjasama, investasi, hibah
- Adanya dewan pengawas
- Sistem remunerasi
- Laporan keuangan
Implementasi PPK BLUD terkait dengan fleksibilitas yang diberikan dan diatur dengan peraturan/keputusan Kepala Daerah dan peraturan/keputusan pemimpin BLUD. Peraturan-peraturan tersebut disesuaikan dengan kondisi masing-masing daerah. Puskesmas BLUD menyusun renstra BLUD yang merupakan bagian dari renstra dinkes. penganggaran pendapatan BLUD yang disusun dalam RBA terdiri dari jasa layanan, kerjasama, hibah, dan pendapatan laian-lain BLUD yang sah. Pendapatan yang bersumber dari APBD dikelompokkan tersendiri. Berdasarkan permendagri 79 tahun 2018, belanja terdiri dari belanja operasional dan belanja modal. Belanja operasional diuraikan menjadi belanja pegawai, belanja barang dan jasa dan belanja bunga. BLUD boleh melakukan pergeseran anggaran untuk memenuhi kebutuhan layanan dengan syarat masih dalam satu jenis belanja. Belanja yang bersumber dari APBD harus mengikuti mekanisme APBD sehingga tidak ada fleksibilitas. Berdasarkan PP 71 tahun 2010, BLUD menyusun laporan keuangan SAP yag terdiri Neraca, Laporan Realisasi, Laporan Operasional, Laporan Perubahan Ekuitas, Laporan Perubahan SAL, Laporan Arus Kas, dan CALK.