Status Kelembagaan BLUD
- BLUD berooperasi sebagai SKPD atau unit kerja SKPD
 - BLUD beroperasi berdasarkan tata kelola/aturan internal antara lain:
 - Struktur organisasi
 - Prosedur kerja
 - Pengelompokan fungsi
 - Pengelolaan SDM
 
Struktur organisasi SKPD atau Unit kerja SKPD BLUD dirancang berdasarkan kebutuhan proses tata kelola. Pedoman struktur organisasi BLUD berdasarkan Permenpan No.PER/02/M.PAN/1/2007 berdasarkan PP 23 tahun 2005. Penerapan PPK BLUD menuntut adanya perubahan-perubahan tertentu baik oleh aturan maupun kebutuhan yang akan mempengaruhi ukuran dan fungsi sehingga harus berubah.
Langkah penyusunan organisasi
- Menetapkan visi, misi dan tujuan organisasi.
 - Mengidentifikasi urusan
 - Pengelompokan
 - Pendelegasian
 - Desain struktur organisasi
 
Pejabat pengelolan BLUD
- Pemimpin
 
Pemimpin berfungsi sebagai penanggungjawab umum operasional dan keuangan satker PPK-BLUD.
- Pejabat keuangan
 
Pejabat keuangan dalah pejabat yang bertanggungjawab atas pengelolaan keuangan Satker PPK-BLUD. Masing-massing organisasi dapat memiliki unit yang secara khusus menangani keuangan atau digabungkan dengan fungsi support staff lainnya. Pejabat keuangan dapat direpresentasikan oleh kepala sekretariat/bagian/subbagian, direktur administrasi umum dan keuangan, direktur keuangan atau sesuai dengan kebutuhan organisasi yang bersangkutan.
- Pejabat teknis
 
Pejabat teknis adalah pejabat yang bertanggungjawab atas pelaksanaan tugas pokok dan fungsi organisasi Satker PPK-BLUD . Pejabat teknis direpresentasikan dalam unit lini, contohnya bidang, subbidang/ seksi atau nomenkelatur lainnya sesuai dengan desain organisasi yang bersangkutan.
Penentuan struktur organisasi
Apabila penerapan PPK-BLUD berdampak pada penataan organisasi, maka kepala SKPD mengusulkan penataan organisasi satuan kerja tersebut kepada Gubernur/Bupati/Walikota. Gubernur/Bupati/walikota menetapkan organisasi dan atata kerja Satker PPK-BLUD daerah sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Pengubahan Struktur organisasi
- Pengubahan struktur organisasi dan tata kerja bagi Satker PPK-BLUD lingkungan pemerintah daerah dapat dilakukan berdasarkan analisis organisasi sesuai perkembangan dan kebutuhan.
 - Pengubahan bisa meliputi penyempurnaan tugass, fungsi, struktur organisasi dan tata kerja dan atau eselon jabatan.
 - Usul pengubahan diusulkan kepada Gubernur/Bupati/Walikota melalui sekretaris daerah dilengkapi dengan naskah akademik.
 - Pengubahan organisasi Satker PPK-BLUD dilingkungan pemerintah daerah ditetapkan oleh Gubernur/Bupati/Walikota.