Kebijakan Penerapan BLUD disebutkan pada Permendagri 79 tahun 2018 pasal 31 bahwa penerapan BLUD diutamakan untuk pelayanan kesehatan yaitu RSUD, puskesmas, dan balkesmas. Kendala yang dirasakan puskesmas dalam memberikan pelayanan sebelum menerapkan BLUD adalah terkait dengan pengelolaan keuangan, penyediaan sarana dan prasarana, SDM dll. Oleh karena itu, BLUD memiliki konsep dasar adanya fleksibilitas dalam pengelolaan keuangannya. Sehingga dengan pengelolaan keuangan yang mandiri, akan menghasilkan meningkatnya pelayanan dan efisiensi anggaran. Dalam memberikan pelayanan, puskesmas BLUD jangan terhalang peraturan yang berlaku umum karena BLUD ada regulasinya tersendiri.
Persyaratan menjadi BLUD harus memenuhi syarat substantif, teknis dan administratif. Syarat administratif ada enam yang terdiri dari dua surat dan empat dokumen. Syarat administratif tersebut adalah:
- Surat pernyataan meningkatkan kinerja
- Laporan audit terakhir/surat pernyataan bersedia diaudit
- Pola tata kelola
- Rencana strategis (Renstra)
- Standar Pelayanan Minimal (SPM)
- Laporan keuangan pokok
Dokumen-dokumen tersebut akan dinilai oleh tim penilai kemudian disampaikan kepada kepala daerah. Terdapat perbedaan pengelolaan keuangan puskesmas terkait BPJS untuk sebelum dan sesudah menerapkan BLUD. Sebelum menerapkan BLUD, pendapatan harus disetorkan terlebih dahulu ke Kasda mengikuti mekanisme APBD. Namun setelah BLUD pendapatan dikelola sendiri tanpa disetor dahulu ke Kasda, hanya perlu dilaporkan saja.