Pola pikir dalam menjalankan suatu bisnis menjadi kunci kearah mana bisnis tersebut akan dijalankan. Pola pikir menjadi landasan dalam pengambilan keputusan suatu bisnis usaha. BLUD berkaitan erat dengan pola pikir bisnis dan usaha. Hal ini dikarenakan tujuan utama dari terbentuknya BLUD adalah diberikan fleksibilitas dalam rangka meningkatkan pelayanan kepada masyarakat yang pengelolaannya menggunakan pola pengelolaan bisnis yang sehat. Walaupun BLUD masih menjadi satu kesatuan dalam perangkat daerah, namun dalam mengelola sumber dana non APBD bisa dilakukan menggunakan metode bisnis yang sehat.
Bisnis yang sehat adalah bisnis yang tidak rugi. Artinya dalam menjalankan suatu usaha bisnis, keuntungan merupakan tujuan utamanya. Namun tidak mutlak demikian untuk BLUD. Walaupun menerapkan konsep bisnis yang sehat, tetap saja keuntungan bukan merupakan tujuan utama dari BLUD, namun jika keuntungan dalam BLUD bisa dicapai dan pelayanan meningkat maka hal tersebut bisa dikatakan sebagai indikator penilaian BLUD sudah berhasil diterapkan.
Bagaimana membangun bisnis yang tidak rugi dalam BLUD? Hal pertama adalah mengubah pola pikir, dari sebelumnya hanya menjalankan UPT biasa yang melakukan pelayanan kepada masyarakat menjadi pola pikir menjalankan bisnis usaha pelayanan. Dengan pola pikir bisnis akan memunculkan inisiatif baru untuk mendorong melakukan inovasi dalam menunjang pelayanan. Kemudian yang kedua adalah melakukan penghitungan tarif pelayanan dengan benar. Dalam pola pikir bisnis, tarif yang berlaku harus diatas unit cost atau biaya yang dikeluarkan untuk melakukan pelayanan tersebut. Dengan begitu BLUD tidak akan mengalami kerugian, atau setidaknya bisa perlahan mengurangi subsidi APBD untuk menjadikan BLUD yang mandiri.
Dalam Permendagri Nomor 79 Tahun 2018 pasal 81 disebutkan bahwa penyusunan tarif layanan disusun atau dihitung bedasarkan penghitungan biaya per unit layanan dan hasil per investasi dana. Tujuan menghitung unit cost dalam hal ini adalah untuk menutup seluruh biaya yang dikeluarkan untuk menghasilkan barang atau jasa tersebut. Penghitungan tarif layanan dilakukan menggunakan akuntansi biaya.