Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 21 Tahun 2016, dana kapitasi adalah besaran pembayaran perbulan yang dibayar dimuka kepada Fasilitas Kesehatan Tingkat Pertama (FKTP) berdasarkan jumlah peserta yan terdaftar tanpa memperhitungkan jenis dan jumlah pelayanan kesehatan yang diberikan. Fasilitas kesehatan tingkat pertama milik pemerintah daerah pada umumnya berbentuk Pusat Kesehatan Masyarakat (Puskesmas). Kedudukan puskesmas berada di bawah koordinasi Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota dan berstatus sebagai Unit Pelaksana Tugas (UPT).
Alokasi dana kapitasi berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 21 Tahun 2016 yakni 60% dari penerimaan dana kapitasi digunakan untuk pembayaran jasa pelayanan kesehatan dan 40% dari penerimaan dana kapitasi digunakan untuk dukungan biaya operasional pelayanan kesehatan. Jasa pelayanan kesehatan dimanfaatkan untuk pembayaran jasa pelayanan kesehatan bagi tenaga kesehatan dan non kesehatan yang melakukan pelayanan FKTP. Biaya operasional pelayanan kesehatan dimanfaatkan untuk biaya obat, alat kesehatan, bahan medis habis pakai, dan biaya operasional kesehatan lainnya.  Penerimaan dan pemanfaatan dana kapitasi oleh bendahara masing-masing FKTP yang  diawasi secara berjenjang oleh Kepala Dinas Kesehatan dan Kepala Puskesmas. Selain itu, dilakukan juga pengawasan fungsional oleh pengawas internal sesuai ketentuan yang berlaku.
Dana non kapitasi merupakan besaran pembayaran klaim oleh BPJS Kesehatan kepada FKTP berdasarkan jenis dan jumlah pelayanan kesehatan yang diberikan. Sesuai Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 52 Tahun 2016 maka tarif non kapitasi diberlakukan pada FKTP yang melakukan pelayanan: (i) pelayanan ambulans. (ii) pelayanan obat program rujuk balik, (iii) pemeriksaan penunjang pelayanan rujuk balik, (iv) rawat inap tingkat pertama sesuai indikasi medis, (v) jasa pelayanan kebidanan dan neonatal yang dilakukan bidan atau dokter, sesuai kompetensi dan kewenangannya, serta (vi) pelayanan keluarga berencana. Alokasi dana kapitasi disesuaikan dengan peraturah kepala daerah masing-masing FKTP. Seperti Dinas Kesehatan Kabupaten Karawang berencana untuk mengalokasikan dana non kapitasi sebesar 35% dari penerimaan dana non kapitasi untuk pembayaran jasa operasional dan 65% dari penerimaan dana non kapitasi untuk pembayaran operasional.