Berdasarkan Permendari Nomor 61 tahun 2007, SKPD atau Unit Kerja SKPD yang telah menjadi BLUD dapat menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan atau disingkat PPK-BLUD. PPK-BLUD bertujuan meningkatkan kualitas pelayanan kepada masyarakat untuk mewujudkan penyelenggaraan tugas-tugas pemerintah dan/ atau pemerintah daerah dalam memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa.
Dalam menyelenggarakan dan meningkatkan layanan kepada masyarakat, BLUD diberikan fleksibilitas dalam pengelolaan keuangannya. Walaupun diberikan fleksibilitas dalam pengelolaan keuangan, namun dalam pelaksanaannya setiap transaksi keuangan BLUD harus dicatat dalam dokumen pendukung yang dikelola secara tertib. Hal ini sesuai dengan praktek bisnis yang sehat.
Praktek bisnis yang sehat adalah penyelenggaraan fungsi organisasi berdasarkan kaidah-kaidah manajemen yang baik dalam rangka pemberian layanan yang bermutu dan berkesinambungan. BLUD menyelenggarakan akuntansi dan laporan keuangan sesuai dengan standar akuntansi keuangan yang diterbitkan oleh asosiasi profesi akuntansi Indonesia untuk manajeman bisnis yang sehat.
Laporan keuangan BLUD yang terdiri dari neraca, laporan operasional, laporan arus kas, dan catatan atas laporan keuangan selanjutkan akan diaudit oleh pemeriksa eksternal sesuai dengan perundang-undangan ( Permendari Nomor 61 tahun 2007, pasal 118 ayat 3)
Dalam pasal 118 ayat 3 Permendari Nomor 61 tahun 2007, memang tidak dijelaskan secara jelas siapa sebenarnya auditor eksternal BLUD. Akan tetapi dalam Permendari Nomor 61 tahun 2007disebutkan bahwa Badan Layanan Umum Daerah atau yang disingkat BLUD adalah Satuan Kerja Perangkat Daerah atau Unit Kerja pada Satuan Kerja Perangkat Daerah. Yang berarti bahwa BLUD masih berada dalam lingkungan pemerintah daerah, yang mana apabila kita melihat bagian penjelasan atas PP Nomor 58 tahun 2005 tentang pengelolaan keuangan daerah menjelaskan bahwa pemeriksaan atas pengelolaan keuangan daerah dilaksanakan sejalan dengan amandemen IV UUD 1045. Berdasarkan UUD 1945, pemeriksaan atas laporan keuangan dilaksanakan oleh Badan Pemeriksa Keungan (BPK).
BPK sebagai auditor yang independen akan melaksanakan audit sesuai dengan standar audit yang berlaku dan akan memberikan pendapat atas kewajaran laporan keuangan. Kewajaran atas laporan keuangan pemerintah ini diukur dari kesesuainnya terhadap standar akuntansi pemerintah.