Badan Layanan Umum (BLU) pada awalnya adalah merupakan satuan kerja (satker)/instansi biasa di kementerian negara/lembaga yang sebenarnya tunduk kepada ketentuan/asas universalitas dalam hal pengelolaan keuangan negara. Satker/instansi birokrasi biasa ini sebagian besar sebelumnya merupakan satker/instansi pengelola Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP).
Satkersatker ini pada umumnya menerima dana PNBP dari masyarakat karena satker-satker tersebut menyediakan pelayanan kepada masyarakat. Oleh karena sistem dan pola pengelolaan keuangan melalui mekanisme PNBP tidak memadai lagi (pasca reformasi politik dan keuangan) dalam hal peningkatan kualitas pelayanan kepada masyarakat, terutama bagi satker PNBP yang menyediakan pelayanan jasa pendidikan dan kesehatan (perguruan tinggi dan rumah sakit).
Dibentuklah Badan Layanan Umum (BLU) berdasarkan Undang-undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara Pasal 1 angka 23 yang menyatakan bahwa: “ BLU adalah instansi di lingkungan pemerintah yang dibentuk untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat berupa penyediaan barang dan/atau jasa yang dijual tanpa mengutamakan mencari keuntungan dan dalam melakukan kegiatannya didasarkan pada prinsip efisiensi dan produktivitas.”
Selanjutnya menurut Pasal 68 ayat (2) Undang-undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, kekayaan BLU merupakan kekayaan negara/daerah yang tidak dipisahkan serta dikelola dan dimanfaatkan sepenuhnya untuk menyelenggarakan kegiatan BLU yang bersangkutan. Berdasarkan ketentuan tersebut, maka tata kelola keuangan BLU juga mengacu pada ketentuan pengelolaan keuangan negara. Untuk itu maka dikeluarkan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan BLU.
Perbedaan antara instansi birokrasi/pemerintah biasa dengan BLU yakni hanya sebatas pada pengecualian terhadap tata cara pengelolaan keuangannya. Instansi pemerintah tunduk pada asas “universalitas” atau “universaliteit beginsel”, sedangkan terhadap pengelolaan keuangan BLU tidak berlaku asas tersebut. Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum yang selanjutnya disebut PPK-BLU, adalah pola pengelolaan keuangan yang memberikan fleksibilitas berupa keleluasaan untuk menerapkan praktek-praktek bisnis yarg sehat untuk meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dalam rangka memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa, sebagaimana diatur dalam Peraturan Pemerintah ini sebagai pengecualian dan ketentuan pengelolaan keuangan negara pada umumnya.