Dalam keberjalananannya sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD), ada beberapa aturan yang harus ditetapkan oleh kepala daerah untuk mendukung BLUD agar dapat memberikan layanan umum secara lebih efektif, efisien, ekonomis, transparan dan bertanggung jawab dengan memperhatikan asas keadilan, kepatutan dan manfaat sejalan dengan Praktek Bisnis Yang Sehat dengan maksud untuk membantu pencapaian tujuan pemerintah daerah yang pengelolaannya dilakukan berdasarkan kewenangan yang didelegasikan oleh kepala daerah. Adapun peraturan yang perlu dibuat menurut Permendagri 79 Tahun 2018 diantaranya adalah sebagai berikut:
- Pasal 4 : Peraturan Kepala Daerah tentang Sumber Daya Manusia
- Pasal 22 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pembina dan Pengawas
- Pasal 24 : Peraturan Kepala Daerah tentang Remunerasi
- Pasal 38 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pola Tata Kelola
- Pasal 41 : Peraturan Kepala Daerah tentang Renstra
- Pasal 43 : Peraturan Kepala Daerah tentang Standar Pelayanan Minimal
- Pasal 64 : Peraturan Kepala Daerah tentang Penyusunan, Penetapan, Perubahan RBA
- Pasal 73 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pelaksanaan Anggaran (Penatausahaan)
- Pasal 77 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pengadaan Barang dan Jasa
- Pasal 83 : Peraturan Kepala Daerah tentang Tarif Layanan
- Pasal 85 : Peraturan Kepala Daerah tentang Tata Cara Penghapusan Piutang
- Pasal 87 : Peraturan Kepala Daerah tentang Mekanisme Pengajuan Utang/Pinjaman
- Pasal 91 : Peraturan Kepala Daerah tentang Tata Cara Kerjasama
- Pasal 94 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pengelolaan Investasi
- Pasal 96 : Peraturan Kepala Daerah tentang Pengelolaan Sisa Lebih Perhitungan Anggaran
- Pasal 99 : Peraturan Kepala Daerah tentang Kebijakan Akuntansi