Sumber daya manusia pada BLUD terdiri dari pejabat pengelola dan pegawai, dimana pejabat pengelola bertanggungjawab terhadap kinerja umum operasional, pelaksanaan kebijakan fleksibilitas dan keuangan BLUD dalam pemberian layanan. Sedangkan pegawai memiliki kewajiban untuk menyelenggarakan kegiatan untuk mendukung kinerja BLUD. Pejabat pengelola dapat berasal dari pegawai negeri sipil ataupun pegawai pemerintah dengan perjanjian kerja, sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. BLUD juga dapat mengangkat pejabat pengelola dan pegawai dari profesional lainnya sesuai dengan kebutuhan, profesionalitas, kemampuan keuangan, dan berdasarkan prinsip efisiensi ekonomis, dan produktif dalam meningkatkan pelayanan BLUD yang dipekerjakan secara kontrak maupun tetap.
Pejabat pengelola BLUD terdiri dari pemimpin, pejabat keuangan, dan pejabat teknis. Pejabat pengelola dapat diangkat dan diberhentikan oleh kepala daerah. Sebagai pengelola BLUD, seorang pemimpin BLUD harus bertanggungjawab kepada kepala daerah. Sedangkan pejabat teknis dan pejabat keuangan bertanggungjawab kepada pemimpin BLUD. Berdasarkan Permendagri 79 tahun 2018 tentang Badan Layanan Umum Daerah menyebutkan bahwa pemimpin BLUD mempunyai fungsi sebagai penanggungjawab umum operasional dan keuangan BLUD yang memiliki beberapa tugas sebagai berikut:
- Memimpin, mengarahkan, membina, mengawasi, mengendalikan, dan mengevaluasi penyelenggaraan kegiatan BLUD agar lebih efisien dan produktivitas,
- Merumuskan penetapan kebijakan teknis BLUD serta kewajiban lainnya sesuai dengan kebijakan yang telah ditetapkan oleh kepala daerah,
- Menyusun renstra,
- Menyiapkan RBA,
- Mengusulkan calon pejabat keuangan dan pejabat teknis kepada kepala daerah sesuai dengan perturan perundang-undangan,
- Menetapkan pejabat lainnya sesuai dengan kebutuhan BLUD selain pejabat yang telah ditetapkan dengan peraturan perundang-undangan,
- Mengoordinasikan pelaksanaan kebijakan BLUD yang dilakukan oleh pejabat keuangan dan pejabat teknis, mengendalikan tugas pengawasan internal, serta menyampaikan dan mempertanggungjawabkan kinerja operasional serta keuangan BLUD kepada kepala daerah, dan
- Tugas lainnya yang ditetapkan oleh kepala daerah
Pemimpin BLUD juga bertindak sebagai kuasa pengguna anggaran atau kuasa pengguna barang, namun bagi pemimpin BLUD yang tidak berasal dari pegawai negeri sipil maka yang bertindak sebagai kuasa pengguna anggaran atau kuasa pengguna barang adalah pejabat keuangan, maka dari itu pejabat keuangan haruslah seorang pegawai negeri sipil.