Untuk mewujudkan transparansi dan akuntabilitas pengelolaan keuangan negara seperti yang diamanatkan dalam Undang-undang No. 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan Undang-undang No. 1 tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara perlu dilakukan pemeriksaan oleh satu badan pemeriksa keuangan yang bebas dan mandiri, sebagaimana telah ditetapkan dalam Pasal 23 E Undang-undang Dasar Negara Republik Indonesia tahun 1945.
Pemeriksaan merupakan proses identifikasi masalah, analisis dan evaluasi yang dilakukan secara independen, objektif, dan profesional berdasarkan standar pemeriksaan untuk menilai kebenaran, kecermatan, kredibilitas dan keandalan informasi mengenai pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara.
Dalam mengajukan BLUD instansi harus menyiapkan dokumen dan surat , salah satu surat yang dibuat adalah surat pernyataan beersedia untuk diaudit, surat ini dibuat agar instansi yang sudah menjadi BLUD melakukan pengelolaan dengan penuh tanggung jawab saat melaksanakan pengelolaan keuangan  secara tertib, taat pada peraturan perundang-undangan, efisien, ekonomis, efektif, dan transparan.
Standar pemeriksaan untuk melakukan pemeriksaan pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara yang meliputi standar umum, standar pelaksanaan pemeriksaan, standar pelaporan yang wajib dipedomani oleh BPK dan/atau pemeriksa
Ada 3 (tiga) lingkup pemeriksaan BPK :
- Pemeriksaan keuangan :
Adalah pemeriksaan atas laporan keuangan pemerintah pusat dan pemerintah daerah untuk memberikan pernyataan opini tentang tingkat kewajaran informasi yang disajikan.
- Pemeriksaan kinerja
Adalah pemeriksaan atas aspek ekonomi dan efisiensi serta efektivitas.
- Pemeriksaan dengan tujuan tertentu
Adalah pemeriksaan yang tidak termasuk dalam pemeriksaan keuangan dan pemeriksaan kinerja.
Pemeriksaan dilaksanakan berdasarkan standar pemeriksaan yang disusun oleh BPK setelah berkonsultasi dengan Pemerintah.
Pada saat pelaksanaan pemeriksaan BPK bebas dan mandiri dalam menentukan objek perusahaan, perencanaan dan pelaksanaan pemeriksaan, penentuan waktu dan metode pemeriksaan serta penyusunan dan penyajian laporan pemeriksaan, merencanaan pemeriksaan dengan memperhatikan permintaan, saran dan pendapat lembaga perwakilan dan dapat mempertimbangkan informasi dari pemerintah, bank sentral dan masyarakat.
Hasil Pemeriksaan dan Tindak Lanjut berupa Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) disusun pemeriksa setelah pemeriksaan selesai dilakukan, pemeriksaan keuangan akan menghasilkan oprin, pemeriksaan kinerja akan menghasilkan temuan, kesimpulan dan rekomendasi, Pemeriksaan dengan tujuan tertentu akan menghasilkan kesimpulan, Laporan Hasil Pemeriksaan BPK disampaikan kepada DPR/DPR/DPRD sesuai dengan kewenangannya ditindaklanjuti antara lain dengan membahas bersama pihak terkait, Laporan Hasil Pemeriksaan BPK juga disampaikan kepada pemerintah, BPK menyusun ikhtisar hasil pemeriksaan pemester yang disampaikan ke lembaga perwakilan dan Presiden/Gubernur/Bupati/Walikota, Laporan hasil pemeriksaan yang telah disampaikan kepada lembaga perwakilan, dinyatakan terbuka untuk umum, Pemerintah menidaklanjuti rekomendasi BPK, BPK mamantau dan menginformasikan hasil pamantauan atas tindak lanjut rekomendasi kepada DPR/DPRD.