Pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD bagi Puskesmas dan RSUD dapat dilakukan secara mandiri dan fleksibel. Yang dimaksud dengan pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD adalah bagaimana alur perputaran kas masuk dan keluar dalam siklus operasional BLUD. Perbedaan mendasar antara UPTD yang sudah menyandang status sebagai BLUD atau belum terletak pada fleksibilitas dalam pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD. BLUD diperbolehkan untuk langsung menggunakan uang yang diterima dari jasa layanan untuk kebutuhan operasional BLUD tanpa harus melalui kas daerah. Hal inilah yang mendasari pentingnya memiliki mekanisme pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD yang baik dan benar.
Pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD sejalan dengan prinsip software BLUD Syncore, motode yang akan memudahkan dalam melakukan pola pengelolaan kas setelah menjadi BLUD adalah metode kas basis dalam pencatatan bendahara penerimaan dan pengeluaran yang nantinya akan di akrualkan setiap periode akuntansi oleh bagian akuntansi. Metode kas basis di bendahara penerimaan dan pengeluaran yang dimaksud adalah pencatatan setiap uang masuk dan keluar berdasarkan waktu dan nilai kas/bank yang diterima ataupun dikeluarkan. Perlu ditekankan bahwa metode kas basis bukan berarti hanya kas di tangan saja yang diperhitungkan, melainkan kas di bank masing-masing rekening juga diakui sebagai kas.
Metode kas basis yang diakrualkan akan berjalan dengan baik apabila masing-masing bagian melaksanakan tugasnya dengan baik. Bendahara penerimaan harus bertanggungjawab penuh atas setiap rupiah uang yang diterima. Maksud dari bertanggungjawab adalah harus mengatahui setiap satu rupiah uang masuk adalah uang yang bersumber darimana, untuk apa dan harus dicatat dimana. Senada dengan bendahara penerimaan, bendahara pengeluaran juga harus bertanggungjawab penuh atas setiap satu rupiah uang yang keluar. Tanggungjawab bendahara disini adalah mengetahui setiap uang keluar menggunakan dana apa, untuk keperluan apa dan dimana pencatatannya. Apabila masing-masing bendahara sudah melaksanakan tugasnya dengan baik maka bagian akuntansi akan lebih mudah untuk mengakrualkan dan menjadikannya Laporan Keuangan Akrual.
Pencatatan kas basis di ranah bendahara penerimaan dan pengeluaran berkaitan dengan kas di tangan dan kas di bank masing-masing bendahara. Untuk itu disarankan untuk BLUD hanya cukup memiliki dua rekening bank saja, yaitu bank penerimaan dan bank pengeluaran. Cukup ada satu bank penerimaan agar segala sumber penerimaan yang masuk hanya ke satu bank BLUD, baik itu bank untuk keperluan setor uang tunai dari pasien umum, bank untuk penerimaan non tunai, utuk menerima klaim dari BPJS maupun asuransi lainnya. Bank pengeluaran BLUD juga cukup satu saja, baik Bank pengeluaran untuk membelanjakan dana BLUD maupun belanja dari dana APBD.
