Implementasi Badan Layanan Umum Daerah memiliki beberapa kendala dan permasalahan baik dari internal maupun eksternal sehingga menyebabkan pelaksanaan yang belum optimal. Implementasi BLUD yang belum optimal ini terkait dengan pemahaman antara pihak internal BLUD (unsur pemeriksa) dengan SKPD yang terkait (eksternal pemerintah daerah) yang tidak ada titik temunya. Pada umumnya ini disebabkan oleh beberapa hal diiantaranya prosedur yang berbelit, tidak bisa mengikuti perkembangan iptek, terbatasnya pendanaan, budaya kinerja yang kurang baik karena adanya pungutan liar, waktu penyelesaian tidak jelas, serta takut berhubungan dengan penegak hukum.
Pelayanan pemerintah yang wajib menerapkan PPK BLUD diutamakan pada pelayanan kesehatan karena ada amanat dari UU Nomor 44 tahun 2009 pasal 7 dan pasal 20 yang menyatakan bahwa rumah sakit milik pemerintah/pemda dikelola dengan menerapkan PPK BLUD. Amanat yang lain yaitu Permendagri 61 tahun 2007 pasal 6 ayat (1) yang menyatakan bahwa PPK BLUD diutamakan untuk pelayanan kesehatan (RSD, Puskesmas, Balkesmas). Unit pelayanan milik pemda seperti RSD, puskesmas dan balkesmas merupakan perangkat daerah sehingga pengelolaan keuangan/barang harus tunduk pada peraturan pengelolaan keuangan/ barang dengan urutan undang- undang, peraturan pemerintah, perpres, kepres, permendagri/ permenkeu, dan lain- lain.
Dari sekian banyaknya aturan yang ada, BLUD berada pada dilema apakah semua aturan harus ditaati karena ini berhubungan dengan unsur pemeriksa namun di sisi lain ada tuntutan dari masyarakat yang tidak mau tahu dengan regulasi yang ada. Perlu adanya solusi agar dalam memberi pelayanan kepada masyarakat tidak terkendala karena adanya regulasi yang berlaku hukum dan dari segi pengelolaan keuangan bisa dipertanggungjawabkan, lebih efisien dan meningkat pelayanannya. Maka dari itu, adanya BLUD menjadi solusi dari permasalahan ini karena BLUD diberi fleksibilitas agar dapat meningkatkan pelayanan dan efisiensi anggaran. Peningkatan pelayanan dan efisiensi anggaran ini tentunya berefek pada meningkatkan daya saing sehingga memberi pelayanan tidak terkendala dengan regulasi yang berlaku umum karena BLUD memiliki regulasinya sendiri.