Sejak diberlakukannnya Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara dan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum yang mendasari dibentuknya Badan Layanan Umum, diketahui bahwa hingga saat ini pembentukan unit BLU oleh instansi pemerintah baik pusat maupun daerah masih relatif rendah. Tidak dapat dipungkiri bahwa unit-unit BLU maupun BLUD yang ada saat ini sebagian besar masih didominasi oleh jenis pelayanan dibidang kesehatan, khususnya Rumah Sakit Umum Pusat maupun Rumah Sakit Umum Daerah.
Beberapa kendala terkait dengan pelaksanaan Badan Layanan Umum antara lain meliputi: usulan penetapan BLU berbelit-belit dan lama, terkait dengan SDM, adanya Dewan Pengawas. Persyaratan pengajuan usul satuan kerja menjadi satuan kerja yang menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum, memang telah diatur secara jelas dalam PP No. 23 tahun 2005 tentang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum maupun dalam PMK No. 7 tahun 2006 tentang Persyaratan Administratif Dalam Rangka Pengusulan dan Penetapan Satuan Kerja Instansi Pemerintah untuk menerapkan Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum. Dalam pasal 5 ayat (7) PP No. 23 tahun 2005 juga dinyatakan bahwa Menteri Keuangan/Gubernur/Bupati/Walikota, sesuai kewenangannya, memberi keputusan penetapan atau surat penolakan terhadap usulan penetapan BLU paling lambat 3 (tiga) bulan sejak diterima dari menteri/pimpinan lembaga/kepala SKPD dan untuk usulan instansi di lingkungan pemerintah pusat ditegaskan pula dalam PMK No. 7 tahun 2006 pasal 13 ayat (1) usulan tersebut diterima lengkap dari Menteri Pimpinan Lembaga. Namun dalam praktiknya masih banyak pihak yang mengeluhkan bahwa usulan penetapan BLU berbelit-belit dan memakan waktu yang cukup lama.
Sedangkan berkaitan dengan tenaga BLU yang non Pegawai Negeri Sipil (PNS) bagaimana aturannya, mengingat pejabat dan pegawai Badan Layanan Umum (BLU) dapat berasal dari PNS dan/atau tenaga profesional non PNS. Sedangkan statusnya bisa kontrak atau tetap (Pasal 33 PP No. 23 Tahun 2005). Sementara pengisian tenaga profesional non PNS dilaksanakan sesuai dengan Keppres No. 80 Tahun 2003 tentang Pedoman Pengadaan Barang/Jasa berdasarkan Peraturan Menpan (Permenpan) No. 02 Tahun 2007 Tentang Pedoman Organisasi BLU. Disamping itu, berkaitan dengan organisasi BLU hingga saat ini Kementerian PAN tidak memberikan penjelasan yang memadai terhadap keluarnya Permenpan No. 02 Tahun 2007 tersebut. Sementara BKN juga sampai saat ini belum mengeluarkan kebijakan terkait dengan pengisian tenaga profesional yang berasal dari PNS. Kenyataannya bahwa reformasi birokrasi dengan semangat kewirausahaan di instansi pemerintah, belum diikuti dengan konsep yang jelas. Misalnya terkait dengan bagaimana pengadaan, hak pegawai, jaminan sosial, pola karier, dan lain sebagainya. Disamping itu, keharusan untuk membentuk Dewan Pengawas terkait dengan pembinaan dan pengawasan terhadap BLU, juga menjadi beban tersendiri bagi BLU mengingat pengawasan terkait dengan operasionalisasi dan pengelolaan keuangan BLU juga harus diperiksa oleh lembaga pemeriksa ekstern sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.